Jocelyn floh nach New York, um Clary von ihrer Vergangenheit zu trennen, wo Luke später zu ihnen aufschloss.
Jocelyn hoffte, dass Clary ein blindes zweites Gesicht haben würde, da einige Schattenjäger trainiert werden müssen, um die Schattenwelt zu sehen. Allerdings sah Clary die Schattenwelt sehr gut, und als sie drei Jahre alt war, spielte Clary sogar mit Feen im Park. Dies veranlasste ihre Mutter, sich an Magnus Bane zu wenden und ihn zu bitten, ihr Zweites Gesicht zu entfernen. Unfähig, dies zu tun, ohne Clary in Gefahr zu bringen, schuf Magnus stattdessen einem komplizierten Zauberglanz in ihrem Kopf, der Clary in dem Moment vergessen würde was sie von der Schattenwelt sah, als sie es sah. Dieser musste alle zwei Jahre erneuert werden.

Zusammen mit Magnus, war Tessa Gray, die sich freiwillig bereitstellte, das Ritual zu verwirklichen, das die nötigen Schutzzauber auf Clary legen würde, die typischerweise bei Schattenjäger-Kindern von einer eisernen Schwester und dem Stillem Bruder Zachariah in ihrem Fall ausgeführt wurde. Clary und Jocelyn nahmen dann den Nachnamen "Fray" an. Jocelyn behauptet, diesen besonderen Nachnamen wegen Tessa gewählt zu haben - es ist eine Mischung aus Fairchild und Gray.[3]
Als Clary fünf Jahre alt war, traf Jocelyn Luke wieder. Mit sechs Jahren lernte Clary Simon Lewis kennen, der später ihr bester Freund wurde. Allerdings war Simon von Anfang an in Clary verliebt und hat immer gehofft, dass sie eines Tages seine Gefühle erwidert.
Aufgewachsen war sie in dem Glauben, ihr Vater sei ein verstorbener Soldat Namens Jonathan Clark, und in der Box mit den Initialen J.C. seien Dinge, die ihm gehört hatten und Jocelyn an ihn erinnern würden. Doch die Initialen J.C. gehören Jonathan Christopher Morgenstern, der Bruder von Clary und dem Sohn von Jocelyn, der Dämonenblut in sich hat.

Zwei Jahre nach ihrer letzten Sitzung mit Magnus Bane, an ihrem 18. Geburtstag, bestreitet Clary ein Bewerbungsgespräch für eine Brooklyner Kunstschule und bekommt den Platz. Sie feiert diesen Erfolg mit ihrem besten Freund Simon Lewis in einem Café, wobei ihr etwas Merkwürdiges auffällt. Es scheint als wäre der Keks, der ihr zu ihrem Kaffee gereicht wurde, zu einer Zeichnung auf ihrem Skizzenblock geworden. Sie schenkt dem keine weitere Beachtung und kehrt nach Hause zurück, wo ihre Mutter ihr zu ihrem Geburtstag eine Stele schenkt. Ihre Mutter möchte Clary mehr über den Gegenstand erzählen und ermahnt sie zugleich in Zukunft vorsichtiger zu sein, doch davon will Clary nichts wissen. Ihrer Meinung nach reagiert ihre Mutter in letzter Zeit extrem überfürsorglich.

Von dem besorgten Verhalten ihrer Mutter erzählt sie auch abends Simon und seiner Bandkollegin Maureen, als sie vor einem Club nach einem Bandauftritt zusammensitzen. Dabei wird sie von einem Jungen, Jace Wayland, angerempelt, der erstaunt ist, dass sie ihn sehen kann. Da ihre beiden Freunde ihn tatsächlich nicht sehen können, folgt sie ihm in den Club, um der Sache auf den Grund zu gehen. Dort sieht sie, wie Jace und seine beiden Freunde Isabelle und Alec scheinbar eine Frau ermorden wollen. Clary schreitet ein und die Frau entpuppt sich als Gestaltwandlerin. Bei dem ausbrechenden Kampf tötet Clary versehentlich den Dämon mit einem Schwert.

Später am Abend, während einer Konfrontation mit Jace, erhielt Clary konstante Anrufe von ihrer Mutter. Obwohl sie es geschafft hatte, den letzten Anruf anzunehmen, schien es zu spät, als Jocelyn ihr sagte, sie solle sich von ihrer Wohnung fernhalten. Gegen den Wunsch ihrer Mutter stürmte Clary hektisch zu ihrer Wohnung hinüber, nervös wegen der Panik in der Stimme ihrer Mutter und der seltsamen Geräusche, die sie während des Telefons mit Jocelyn hörte. Ihr Haus wurde zerstört und ihre Mutter war weg. Als sie die Verwüstung sah, wurde Clary von einem Ravener-Dämon angegriffen. Mit dem Sensor, den sie von Jace geliehen und ihn mit einem Telefon verwechselt hatte, tötete Clary ihn, wurde aber in diesem Prozess vergiftet. Um sie vor den Dämonen zu schützen, die vor ihrem Haus lauerten, wurde Clary mit einer Rune versehen und zum New Yorker Institut gebracht, um zu heilen. Jace war sich noch ungewiss, was Clary war, mit der Furcht lebend, was die Rune mit Clary machen könnte.